There is no panacea. Bjarne Stroustrup
Koska SGML kehitettiin ja sitä käytetään nimenomaan suuria tietomääriä käsitellessä, aiheuttaa se lisävaikeuksia ohjelmia suunnitellessa. Tyypillisesti SGML:ää ``vaativa'' dokumentointi on kooltaan useita satoja megatavuja, eikä se näin ollen mahdu normaalin tietokoneen muistiin kerralla. Konkreettisia esimerkkejä suurista dokumenteista: yhdessä USAn armeijan laivassa voi olla manuaaleja 25 tonnia ja B-1B-pommikoneesta on miljoona sivua dokumentaatiota [Her94]. Siksi ohjelmat on suunniteltava siten, että ne käsittelevät dokumentteja palasina tai vaihtoehtoisesti pitävät yllä jonkinlaista vähän muistia vaativaa tietorakennetta ja hakevat sen avulla muistiin dokumentin osia tarpeen mukaan. Edellinen ratkaisu voi hidastaa paljonkin dokumentin käsittelyä, mutta hyvät välimuistiratkaisut parantavat tilannetta jonkin verran [Syn96].
Erilaisille muunnosohjelmille on yhteistä se, että mitä yleiskäyttöisempiä ne ovat, sitä enemmän käyttäjä joutuu tekemään ohjaustiedostoja tai antamaan muita ohjauskomentoja sovellukselle. Käyttöliittymät eivät ole useinkaan kovin kehittyneitä johtuen ehkä siitä, että useimmat verkosta löytyvät ohjelmat ovat pikaisesti tehtyjä, usein vielä UNIX-ympäristössä komentoriviltä käytettäväksi (tästä hieman lisää kappaleessa 5.2).
Muunnoksia ajatellessa on muistettava, että edelleen suurin osa tietokoneilla olevasta tekstidokumentaatiosta ei ole SGML:ää tai edes rakenteellisessa muodossa. WWW:ltä löytyy mm. maininta projektista, jossa muunnettiin 200 miljoonaa dokumenttia SGML:ksi [Fre].